Amatlán se encuentra dentro dos parques nacionales protegidos, el Parque Tepozteco y el Parque Nacional Chichinautzin. El corredor biológico representa un reservorio para numerosas especies y subespecies de flora y fauna silvestres, terrestres y acuáticas en peligro de extinción. La flora alberga bosques de pino, de oyamel y de encino, en las montañas del pueblo, aunque se escucha en el pueblo que hay gran variedad de árboles frutales, ornamentales y medicinales, entre ellos, manzanas, ciruela criolla, peras, chirimoyas, duraznos, tejocotes, frambuesas, capulines, pimienta, nopales, chilacayotes, chayotes, prodigiosa, toloache, palo de brasil, etc. Muchas de estas especies y variedades de plantas son visible fácilmente tanto en la montaña como en los patios de las casas. Se pueden encontrar plantas medicinales como el té negro, la manzanilla, el gordolobo, jarilla, ruda, romero, flor de Saulo, albahaca etc.
En cuanto a la fauna, aún se encuentran especies de mamíferos como venado cola blanca, tacuache, puma o león americano.Existen también el armadillo, el cacomiztle, ardillas, conejos y coyotes. Dependiendo de la época del año se pueden observar, aves silvestres como el colibrí, zopilotes, aguilillas y calandrias. Además en el pueblo abundan los animales domésticos como los caballos, vacas, chivos, cerdos, burros, mulas, gallinas y guajolotes. Los insectos no se quedan atrás, su aparición en el pueblo varia según las estaciones, y se pueden encontrar abejas, avispas, chicharras, hormigas, luciérnagas, chicharras, libélulas, mariposas, alacranes cien pies, arañas etc.


